Kumamoto Castle
The impregnable castle built by Kato Kiyomasa, now being restored after the 2016 earthquake.
人吉城
人吉城（ひとよしじょう）は、熊本県人吉市麓町（旧・肥後国球磨郡人吉村）にあった日本の城（平山城）。相良氏が鎌倉時代に地頭として人吉荘に赴任して以来35代670年の長きにわたり在城し、江戸時代には人吉藩の藩庁であった。国の史跡に指定されている。
宇土城
宇土城（うとじょう）は、熊本県宇土市にあった日本の城。別名城山・鶴城ともいう。同市にあった中世期の宇土城である宇土古城についても併記する。
堅志田城
堅志田城（かたしだじょう）は、熊本県下益城郡美里町にあった中世の日本の城（山城）。 熊本県下益城郡美里町尾根筋、標高256mに位置する。集落からの比高は約160mで、最高所に平坦地があり東半分は削平されている。南西および北西の集落に延びる尾根には計3条の堀切が設けられた。
菊池十八外城
菊池十八外城（きくちじゅうはちとじょう）は、肥後国菊池氏の居城であった菊池城（現在の菊池神社）を取り囲むように形成された城塞群。 文献ごとにその対象諸城・対象数は異なっており、寛政6年（1794年）の『菊池風土記』を参照した場合は菊の城（菊の池城、菊池古城）、染土城（鷹取城）、亀尾城（丸城、板井古城）、城林城（上林、木葉、城村、城山）、茂藤里城（元居城）、出田城（古池城）、馬渡城、正光寺城、増永城
志岐城
志岐城（しきじょう）は、熊本県天草郡苓北町にあった日本の城。
城村城
城村城（じょうむらじょう）は、熊本県山鹿市城字城にあった中世の日本の城（丘城）。山鹿市指定史跡。
津森城
津森城（つもりじょう）は、熊本県益城町にあった日本の城。 阿蘇合戦で島津勢に徹底抗戦した光永宗甫の居城。光永宗甫は、一回は島津に降伏するが、その後、反旗を翻して再び抗った。しかし、島津の逆襲により陥落してしまう。 結果的には、光永宗甫は討死し、共に抗った高森惟直、合志隆重らも討死してしまう。
富岡城
富岡城（とみおかじょう）は、熊本県天草郡苓北町富岡（肥後国天草郡）にあった日本の城。本丸跡に熊本県富岡ビジターセンターが整備され、櫓・高麗門なども復元整備されている。
花の山城
花の山城（はなのやまじょう）は、熊本県宇城市にあった中世の日本の城（山城）。 宇城市豊野町の娑婆神峠の南山頂、標高229mに位置する。山頂部分は楕円状の平坦地で、東西の斜面に幅6mの曲輪が2段、他に削落しの跡がある。
愛藤寺城
愛藤寺城（あいとうじじょう）は、熊本県上益城郡山都町にあった日本の城。別名矢部城ともいう。 阿蘇氏は、阿蘇の南郷谷より浜町に居館「浜の館」を移し、川の対岸・小高い丘に詰めの城として岩尾城を築いた（現在の通潤橋が架かっている左岸側）が、地形的な制約から、防御力の更に強い城が別に必要であった。 緑川と千滝川に挟まれ、津留の緑川海運とつながる白糸の道は、有明海の緑川河口近くにある重要な港湾「川尻」とつな
古麓城
古麓城（ふるふもとじょう）は、熊本県八代市古麓町（旧 肥後国八代郡）にあった諸城の総称、近世に名付けられた城塞群。古麓町の東側の山中に7城（曲輪）が存在したと一般に言われている。 平成26年（2014年）に「八代城跡群（やつしろしろあとぐん）」の名称で、八代城、麦島城とともに国の史跡に指定された。
本渡城
本渡城（ほんどじょう）は、熊本県天草市にあった中世の日本の城（山城）。
水俣城
水俣城（みなまたじょう）は、熊本県水俣市古城にあった中世の日本の城（丘城）。
御船城
御船城（みふねじょう）は、熊本県上益城郡御船町にあった中世の日本の城（平山城）。現在の御船町立御船小学校の南側、東西40m・南北150mの丘陵に立地していた。
菊池城
菊池城（きくちじょう）は、熊本県菊池市隈府にあった中世の日本の城（山城）。菊池氏の本拠であった。別名隈府城。
八代城
八代城（やつしろじょう）は、熊本県八代市（旧 肥後国八代郡）にあった日本の城。江戸時代初期に球磨川河口の松江に幕府の許可を得て建築されたことから松江城（現八代城趾）とも言う。 熊本県史跡であったが、同じく八代城とも呼ばれた南北朝時代の古麓城と安土桃山時代の麦島城の三つの城跡を併せて、平成26年（2014年）に「八代城跡群（やつしろしろあとぐん）」との名称で一括して国の史跡に指定された。 2017年
竹迫城
竹迫城（たかばじょう）は、熊本県合志市上庄にあった日本の城。合志城とも呼ばれ、その他に蛇尾城・穴の城・上庄城の別名もある。合志市指定史跡。また、城絵図が合志市指定有形文化財に指定されている。
日渡城
日渡城（ひわたしじょう）は、熊本県山鹿市菊鹿町下内田日渡にあった日本の城（丘城）。築城年代は不明。江戸時代の柳川藩士・内田氏の系図では、豊後の戦国大名・大友氏の下に亡命した相良氏庶流・内田氏の肥後国での居城とされているが、『肥後国誌』あるいは『日本歴史地名大系』では隈部館または猿返城である永野城と混同されている。
内牧城
内牧城（うちのまきじょう）は、熊本県阿蘇市にあった中世・近世の日本の城（平山城）。 阿蘇市内牧の阿蘇火口原の北西端、阿蘇内牧温泉に位置する。一帯は黒川の自然堤防である微高地となっている。